COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 19.089201
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 19.377314
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 19.721622
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 20.084800
2021-04-07 17:00:00 14.897085 14.897085 20.435590
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 20.733677
2021-04-05 17:00:00 28.501281 28.501281 21.083510

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 15.643000
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 15.362740
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 15.622920
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 15.753816
2021-04-07 17:00:00 9.882671 9.882671 15.925030
2021-04-06 17:00:00 11.959288 15.735115 15.682807
2021-04-05 17:00:00 20.000000 15.189487 15.845260

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 26.546570
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 25.753540
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 25.341117
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 25.149690
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 24.869107
2021-04-06 17:00:00 10.659898 24.587459 24.550698
2021-04-05 17:00:00 9.248555 24.169435 24.201436

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 17.276892
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 16.885411
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 16.567889
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 16.306934
2021-04-07 17:00:00 9.989737 16.113582 15.983634
2021-04-06 17:00:00 15.449011 16.338721 15.625936
2021-04-05 17:00:00 16.402998 16.329816 15.077789

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 14.981534
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 14.998688
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 14.986576
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 14.997757
2021-04-07 17:00:00 11.882054 17.276227 15.096662
2021-04-06 17:00:00 19.715684 14.369610 14.983445
2021-04-05 17:00:00 23.790013 15.396024 14.984362

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 38.917281
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 39.621190
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 40.222182
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 40.830392
2021-04-07 17:00:00 20.542083 53.191869 40.845538
2021-04-06 17:00:00 60.706063 23.074679 40.953816
2021-04-05 17:00:00 83.688341 44.289528 42.315143

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 15.963613
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 16.018012
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 16.152152
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 16.490786
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 16.761897
2021-04-06 17:00:00 12.909836 80.327869 16.986553
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 17.303168

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.845517
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.862459
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 7.021776
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 7.167684
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.329195
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.701486 7.452361
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.244786 7.558979

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 16.222760 19.661017 16.562952
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 16.709682
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 16.876149
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.744084
2021-04-07 17:00:00 11.105304 16.302263 16.651476
2021-04-06 17:00:00 17.159763 15.665399 16.731885
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 16.564265

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 30.125430
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 30.833483
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 31.365023
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 31.899148
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 32.417852
2021-04-06 17:00:00 36.406926 31.878981 33.179865
2021-04-05 17:00:00 27.401130 27.401130 34.498448

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 15.152626
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 15.340733
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 15.685582
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 15.841808
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 16.386657
2021-04-06 17:00:00 20.820189 14.972875 16.324756
2021-04-05 17:00:00 10.520231 10.520231 16.106554

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 5.115234
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 5.024510
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 5.159898
2021-04-08 17:00:00 3.375527 4.339964 5.199963
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.723327 5.108577
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.914278
2021-04-05 17:00:00 6.040268 3.260870 4.796296

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 6.612318
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 6.833259
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 6.972883
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 7.048055
2021-04-07 17:00:00 7.163886 9.918478 7.157892
2021-04-06 17:00:00 7.113821 2.376103 7.364349
2021-04-05 17:00:00 14.678899 3.260870 7.262860

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 42.254400
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 42.086000
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 42.144055
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 42.720179
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 43.421086
2021-04-06 17:00:00 13.265306 58.163265 43.782930
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 43.985010

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 19.383244
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 19.478910
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 19.641968
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 20.089147
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 20.461037
2021-04-06 17:00:00 26.817753 11.121264 20.762839
2021-04-05 17:00:00 36.265223 10.690068 21.289506

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 43.659390
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 44.913254
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 45.053140
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 45.718888
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 45.686892
2021-04-06 17:00:00 30.429212 114.734145 44.602648
2021-04-05 17:00:00 31.903864 80.560792 44.699594

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 8.871566
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 8.800280
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 8.931374
2021-04-08 17:00:00 6.707719 8.109545 8.936951
2021-04-07 17:00:00 9.160571 7.047160 9.089340
2021-04-06 17:00:00 8.437706 8.857683 9.115038
2021-04-05 17:00:00 14.246725 7.158530 9.226461

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 42.890502
2021-04-10 17:00:00 13.902715 63.645779 44.818730
2021-04-09 17:00:00 13.937766 78.426264 47.003952
2021-04-08 17:00:00 12.748886 66.649404 48.370743
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 48.640017
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 49.121034
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 46.382583

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 12.965112
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 13.009954
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 13.092920
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 13.204393
2021-04-07 17:00:00 12.233973 12.233973 13.341919
2021-04-06 17:00:00 21.554437 7.638269 13.443328
2021-04-05 17:00:00 21.946309 11.091639 13.381604

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 21.490334
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 21.082672
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 21.102560
2021-04-08 17:00:00 16.396568 22.811671 21.116736
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 21.072556
2021-04-06 17:00:00 23.102310 20.026350 20.983256
2021-04-05 17:00:00 50.476190 20.092531 20.354696

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 27.186073
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 26.662395
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 25.465102
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 24.119530
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 22.914710
2021-04-06 17:00:00 36.559140 36.559140 21.649178
2021-04-05 17:00:00 84.269663 84.269663 21.714555

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 25.304508
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 25.511124
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 26.280742
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 27.214585
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 28.615208
2021-04-06 17:00:00 24.889543 24.889543 28.750638
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 28.778171

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 17.417619 17.417619 15.643000
Basilicata 33.512786 33.512786 26.546570
Calabria 22.851638 22.851638 17.276892
Campania 21.977240 21.977240 14.981534
Emilia-Romagna 37.524054 37.524054 38.917281
Friuli Venezia Giulia 13.445378 13.445378 15.963613
Lazio 8.526777 8.526777 6.845517
Liguria 16.222760 19.661017 16.562952
Lombardia 25.549390 25.549390 30.125430
Marche 16.804636 16.804636 15.152626
Molise 5.837174 5.837174 5.115234
P.A. Bolzano 8.105148 8.105148 6.612318
P.A. Trento 40.259740 40.259740 42.254400
Piemonte 24.900181 24.900181 19.383244
Puglia 34.899846 34.899846 43.659390
Sardegna 9.964893 9.964893 8.871566
Sicilia 15.577191 15.577191 42.890502
Toscana 15.082696 15.082696 12.965112
Umbria 22.765599 22.765599 21.490334
Valle d'Aosta 24.137931 24.137931 27.186073
Veneto 25.776857 25.776857 25.304508

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun Apr 11 17:48:59 2021 revision 258, a5c79e81